Riaditeľ

• Sekretariát, registratúra
• Referent pre komunikáciu, podujatia a projekty
• Grafik
• Samostatný referát pre bezpečnostnú politiku a VO

Oddelenie informačných technológií, systémovej integrácie a digitalizácie

• Systémový knihovník
• Technická správa IT
• Digitalizačné pracovisko

Oddelenie historických fondov a bibliografie

• Referát historických fondov a retrospektívnej bibliografie
• Reštaurátorská a konzervátorská dielňa

Oddelenie pre správu a ochranu fondov

• Referát revízie fondov
• Referát knižničných depozitárov
• Knihárska dieľňa

Oddelenie knižničných služieb

• Referát výpožičných služieb a študovní
• Referát konzultačných služieb a informačnej podpory
• Nemecká knižnica
• Americké centrum

Oddelenie doplňovania a spracovania fondov

• Referát akvizície a spracovania monografií a špeciálnych dokumentov
• Referát akvizície a spracovania periodických dokumentov

Hospodárska správa

• Referát správy budov, majetku a investícií
• Prevádzka a skladové hospodárstvo

Ekonomické oddelenie

• Referát účtovníctva
• Referát personalistiky a miezd